由于一开始就没有弄清楚原因，蓝耳病病毒引起的疾病曾经也被称为“神秘猪病（mystery swine disease）”， 直到后来才发现它同样也是一种RNA 病毒，其与鼠乳酸脱氢酶升高病病毒，马动脉炎病毒，猿出血热根据ORF5 绘制的遗传进化树病毒等都属于动脉炎病毒科。

由于欧洲型和北美型的蓝耳病病毒基因组序列的差异分离达40% 之多，蓝耳病病毒的起源就成了一个非常有趣的话题。

Peter G.W. Plagemann 推测说，该病毒是由鼠的动脉炎病毒（乳酸脱氢酶增高病毒，lactate dehydrogenase-elevating virus）通过伤口感染了中欧的野猪（Wild boars ）后产生的变异病毒。这些野猪曾作为狩猎使用被引进美国，被引进的野猪就作为中间宿主将病毒传播至北卡罗来纳州，感染的时间大约发生在1912 年。

这些病毒在这两大洲内独立变异和进化，大约经过七十年左右的时间，通过家猪和野猪的接触，病毒进入家猪（domestic pigs）群中，形成了后来的两大独立的蓝耳病病毒原型（即通常所说的蓝耳病病毒的两种基本的基因型）：欧洲型（以Lelystad 为代表，简称LV）和美洲型（以VR-2332 为代表，简称VR）。欧洲和北美在1991-1994 年间从野猪体内检测到蓝耳病病毒的抗体也证实了这一点。

回顾性检测也同时发现美国的爱荷华州在1985 年， 明尼苏达州在1986 年，东德在1988~1989 年的猪血清中发现了蓝耳病病毒的抗体，而在1985 年之前爱荷华州以及德国的家猪血清内却并未检测到相应的抗体。

许多新的人类和动物的疾病由RNA 病毒引起，这些病毒大约在过去的40 年中被先后发现。这些先前就已存在的病毒（preexisting viruses）在一定的条件下完成了感染补充宿主（alternate hosts）的变异， 如埃博拉病毒（Ebola virus）、汉坦病毒（Hantavirus）、尼巴病毒（Nipah virus）和亨德拉病毒(Hendra virus) 等。猪蓝耳病病毒也是其中一例。